Mit Hilfe des Sudoku Programms können auch »Minimale Probleme« erzeugt werden. Minimale Probleme zeichnen sich dadurch aus, dass alle Werte der Vorbelegung notwendig sind um zu einer eindeutigen Lösung zu kommen. Am Beispiel rechts kann man erkennen, dass die minimalisierte Version nur 22 Vorbelegungen hat während die nicht minimalisierte Version zwei weitere, für eine eindeutige Lösung nicht notwendige Vorbelegungen aufweist (die 2 in der Zelle in Zeile 1, Spalte 6 und die 9 in der Zeile 8, Spalte 8).
Durch die Minimalisierung werden die Probleme nicht notwendigerweise schwerer, allerdings ist dies sehr oft der Fall.
Minimalisierte Probleme können entweder beim Erstellen von neuen Probleme erzeugt werden (hierfür gibt es eine entsprechende Option) oder existierende Probleme können minimalisiert werden (Menüeintrag »Problem|Minimimale Belegung suchen« bzw. <F9>).
Im Augenblick sind normale Sudokus mit 17 und X-Sudokus mit nur 12 Vorbelegungen bekannt, die noch eindeutig gelöst werden können.